ТОО «КТЖ — Грузовые перевозки» было создано в июне 2016 года в результате реализации проекта по поэтапному переходу к целевой организационной структуре в рамках Программы трансформации бизнеса. Данный проект позволил оптимизировать ряд дочерних организаций АО «НК «КТЖ».

В структуре ТОО «КТЖ — Грузовые перевозки» имеется филиальная сеть, сформированная из отделений дорог и локомотивных депо, осуществляющих обслуживание клиентов по сети железных дорог Казахстана и предоставляющая полный комплекс услуг по транспортировке грузов.

 Постановлением правительства РК от 29 сентября 2017 года ТОО «КТЖ – Грузовые перевозки» присвоен статус Национального перевозчика грузов. Согласно закону «О железнодорожном транспорте» перед Национальным перевозчиком стоят следующие задачи: выполнение воинских и специальных перевозок, плана формирования поездов. Получение такого статуса доказательство высокого доверия со стороны государства.